Яннис Абацидис пришел в ΠΑΟΚ в 2014, в категорию U-14. Далее продолжил с теми же футболистами в составе финалистов U-15 сезона 2015-16 Κ15, помогал своими знаниями U-20, теперь входит в тренерский штаб U-19 и в отдел видеоанализа академии.

В сезоне 2020-21 входил в тренерский штаб первой команды, с которой выиграл Кубок Греции. Теперь входит в тренерский штаб ПАОК-2.

Выпускник факультета физкультуры и спорта, имеет лицензию UEFA Α. С 2007 по 2011 был тренером и техническим директором команды ΠΑΟНΕ. Особое внимание в его биографии привлекает тот факт, что он был арбитром-волонтером на 1-й детской олимпиаде.

Владеет английским, немецким и испанский языком.