Жозе Боту родился 2 марта 1966 в г. Лурес, что рядом с Лиссабоном. Начал работать менеджером в местной команде, затем перешел в «Сакавененсе», а оттуда в «Бенфику».

В 2007 стал скаутом, а в 2010 возглавил департамент селекции, директором которого он оставался до 2018, когда и покинул португальский клуб.

В 2018 переехал в Украину и стал директором селекционной службы донецкого «Шахтера», где ему принадлежала большая доля ответственности за формирование состава. Во время его работы «Шахтер» завоевал титулы и провел превосходные сезоны в Лиге чемпионов.

Боту принял вызов ΠΑΟΚ и стал спортивным директором клуба на следующие 2,5 года.