Перейра начал свою карьеру в академии «Атлетико Эстудиантес», за который с 2006 по 2009 провел более 100 матчей. Затем он перешел в чилийский «Палестино», но вскоре вернулся обратно на родину в «Эстудиантес». Через два года он снова отправился в Чили, чтобы усилить «Аудакс Итальяно». Там он провел прекрасный сезон, забив 15 голов в 34 матчах. В 2012 он оказался в мексиканском «Сан Луисе», но команда столкнулась с серьезными экономическими проблемами и вскоре распалась.

Таким образом, Факундо вернулся в Аргентину, в «Химнасию» Ла-Плата и именно там показал свою лучшую игру. Забив 15 голов, он вывел свою команду в высший дивизион и сам впервые получил возможность выступать в Примере. Перейра был готов играть на самом высоком уровне аргентинского чемпионата и отличился еще девятью забитыми мячами.

Летом его контракт с «Химнасией» Ла-Плата истек, но его сотрудничество с «Сан Луисом», который был выкуплен «Хагуарес», продолжало действовать, несмотря на то, что Факундо подал протест в ФИФА. После официального подтверждения его свободы аргентинец подписал контракт с ПАОК.

За «Двуглавый» он выступал один год, затем на шесть месяцев был арендован в «Габалу» и завершил сезон с «Расинг Клуб». Теперь нападающий снова находится в составе ΠΑΟΚ под руководством Владана Ивича.