Он принадлежит к той категории футболистов, которые рано покинули Грецию, чтобы научиться секретам этого вида спорта в странах с более развитой инфраструктурой детско-юношеского футбола.

После первых шагов в академиях «Свороноса» и «Ватаниакоса» в Пиерии Яннис Мистакидис в возрасте 16 лет перебрался в Германию, где его приняли в академию «Хоффенхайма». Далее он играл за «Мангейм» U-19 и «Фрайбург», дойдя до второй команды клуба.

Травма колена оставила его не у дел практически на весь сезон и стала поводом для возвращения в Грецию. Летом 2014 20-летний нападающий попробовал себя в ΠΑΟΚ во время летних сборов, подписал контракт и был арендован в «Пиерикос». В составе команды из Пиерии он провел 27 матчей и забил 4 гола.

Летом 2015 Мистакидис вернулся в ΠΑΟΚ и Игор Тудор решил оставить его в «Двуглавом». Хорватский наставник оказал ему доверие и не раз предоставлял шанс выйти на поле, чем молодой футболист полностью воспользовался, завоевав впоследствии расположение Владана Ивича. Он сыграл 30 матчей, забил 6 голов, отдал 7 голевых передач и занес в свой актив 1458 игровых минут, став одним из важных игроков «Двуглавого» в сезоне.