Μπορεί στο πρωτάθλημα η πορεία του Πανιωνίου να θεωρείται έκπληξη αλλά στο Κύπελλο Ελλάδας τα πράγματα είναι διαφορετικά, καθώς είχε σχετικά εύκολο δρόμο προς την οκτάδα του θεσμού. Στα περίεργα όμως της πορείας του συμπεριλαμβάνεται και το γεγονός ότι τα τρία από τα πέντε παιχνίδια του τα έδωσε απέναντι στον Εργοτέλη. Αναλυτικά την πορεία της ομάδας από τη Νέα Σμύρνη στο θεσμό:

Στη φάση των ομίλων αντιμετώπισε τη Ζάκυνθο και τον Εργοτέλη από την Football League και τον Πανιατωλικό, ο οποίος εκείνη την περίοδο αναζητούσε αγωνιστικό πρόσωπο. Ετσι δεν αποτέλεσε έκπληξη η κατάκτηση της κορυφής του ομίλου από τον Πανιώνιο. Η πρώτη στάση ήταν στο Αγρίνιο. Ο Παναιτωλικός δεν έπειθε αγωνιστικά και ο Πανιώνιος το εκμεταλλεύτηκε. Στο 10′ ο Καρίμ Ανσαριφάρντ έβαλε μπροστά την ομάδα του και στο 31′ ο Μπρούνο Χαλκιαδάκης έδωσε την χαριστική. Οι γηπεδούχοι κατάφεραν αν μπουν στο παιχνίδι με τον Καπέλ στο 74′ αλλά η ήττα δεν αποτράπηκε.  Δεύτερο θύμα η Ζάκυνθος στην Νέα Σμύρνη, με τον Χαλκιαδάκη να σφραγίζει την αναμέτρηση στο 36′ γράφοντας το τελικό 1-0 με ωραίο σουτ και να σφραγίζει την πρόκριση στους 16 του θεσμού.

Την τελευταία αγωνιστική στο Παγκρήτιο παιζόταν ουσιαστικά η πρωτιά στον όμιλο. Ο Εργοτέλης κινδύνευε μόνο αν η Ζάκυνθος επικρατούσε με τέσσερα γκολ διαφορά του Παναιτωλικού οπότε το παιχνίδι ήταν ελεύθερο και ανοιχτό. Ο Καθάριος στο 38′ έβαλε μπροστά τους φιλοξενούμενους αλλά στο 54′ ο Ντος Σάντος έφερε το παιχνίδι στα ίσια. Η ομάδα του Μαρίνου Ουζουνίδη όμως κατάφερε να βρει πάλι τον τρόπο να πάρει το τρίποντο με τον Βιλάλμπα στο 75′ να γράφει το τελικό 1-2.

Η κλήρωση έπαιξε περίεργο παιχνίδι στις δύο ομάδες και τις έφερε και πάλι αντιμέτωπες στην φάση των «16». Οι Κρητικοί των χιλίων προβλημάτων το πάλεψαν και στα δύο παιχνίδια αλλά δεν κατάφεραν να αποφύγουν την ήττα τόσο εντός όσο και εκτός έδρας. Ο Καραμάνος στην Κρήτη και ο Μπακασέτας στην Πλατεία ήταν οι πρωταγωνιστές στις δύο νίκες του Πανιωνίου με το ίδιο σκορ (0-1 και 1-0) και χάρισαν στην ομάδα τους την πρόκριση στα προημιτελικά.

Οι εύκολες αποστολές τελείωσαν όμως για τους Κυανέρυθρους, οι οποίοι θα βρουν απέναντι τους τον ΠΑΟΚ. Στόχος τους να πάνε όσο πιο μακριά γίνεται σε ένα θεσμό που παρουσιάζονται παραδοσιακά δυνατοί και μετρούν μάλιστα δύο κατακτήσεις του τροπαίου (1979, 1998), καθώς και τέσσερις παρουσίες σε τελικό (1952, 1961, 1967, 1989).

Ο Μαρίνος Ουζουνίδης θα έχει στην διάθεση του όλους του ποδοσφαιριστές του με τον Κενάν Μπαργκάν, που αποκτήθηκε πριν λίγες μέρες να μπαίνει στην αποστολή, η οποία αποτελείται αναλυτικά από τους:

Παπαδόπουλο, Διούδη, Τασουλή, Οικονόμου, Ρισβάνη, Χατζηισαΐα, Αργυρόπουλος, Τζανδάρη, Σιώπη, Κόρμπο, Μπακασέτα, Καραμάνο, Μασούρα, Βιγιάλμπα, Ανσαριφάρντ, Πινιώτη, Βαλεντίνο Βλάχο, Ντουρμισάι, Χαλκιαδάκη, Μπαργκάν, Πατσατζόγλου.