Ο Γιάννης Αμπατζίδης ήρθε στον ΠΑΟΚ το 2014, στην κατηγορία Κ14, συνέχισε με τους ίδιους ποδοσφαιριστές στην φιναλίστ την σεζόν 2015-16 Κ15, συνεισέφερε με τις γνώσεις του και στην Κ20 και ακολούθησε η Κ19, με την οποία έχει πανηγυρίσει τρία συνεχόμενα πρωταθλήματα. Είναι μέλος και του τμήματος ανάλυσης video. Τη σεζόν 2020-21 ανήκε στο team της πρώτης ομάδας, με την οποία κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας και πλέον ανήκει στο επιτελείο του ΠΑΟΚ Β.

Είναι απόφοιτος του ΤΕΦΑΑ, κατέχει δίπλωμα UEFA A και από το 2007 έως το 2011 ήταν προπονητής και τεχνικός υπεύθυνος του ΠΑΟΝΕ. Ιδιαίτερη σημασία στο βιογραφικό του δίνει κανείς στο γεγονός ότι διετέλεσε εθελοντής διαιτητής στην 1η μικρή ολυμπιάδα.

Μιλάει την αγγλική, την γερμανική και την ισπανική γλώσσα.