Ο Τζόναθαν Γκόμεζ γεννήθηκε στις 1 Σεπτεμβρίου 2003 στο Ντάλας του Τέξας, με ρίζες από το Μεξικό. Ξεκίνησε την καριέρα του σε ηλικία 12 ετών στις ακαδημίες της Ντάλας, πριν μετακομίσει στην ακαδημία της Λούισβιλ Σίτυ. Έκανε το επαγγελματικό του ντεμπούτο με την Λούισβιλ Σίτυ το 2020, όπου σε δύο σεζόν κατέγραψε 39 συμμετοχές, σημειώνοντας δύο γκολ και μοιράζοντας 10 ασίστ.

Τον Ιανουάριο του 2022, ο Γκόμεζ έγινε κάτοικος Ισπανίας για λογαριασμό της Ρεάλ Σοσιεδάδ. Ο νεαρός αριστερός μπακ συνέχισε να εντυπωσιάζει με τις εμφανίσεις του στη Segunda Division και τη δεύτερη ομάδα της Ρεάλ Σοσιεδάδ, μετρώντας 43 συμμετοχές, ένα γκολ και μία ασίστ.

Σε διεθνές επίπεδο, ο Τζόναθαν Γκόμεζ έχει εκπροσωπήσει τόσο τις εθνικές ομάδες νέων των Ηνωμένων Πολιτειών όσο και του Μεξικού. Επίσης, έχει συμμετάσχει σε έναν αγώνα με την ανδρική εθνική ομάδα του Μεξικού εναντίον της Γουατεμάλας, ενώ πρόσφατα εκπροσώπησε και την ανδρική εθνική ομάδα των ΗΠΑ, καταγράφοντας δύο συμμετοχές σε φιλικούς αγώνες εναντίον της Βοσνίας και της Σερβίας.